Начало высшей школы в Вильнюсе было связано с распространением идей Реформации, для борьбы с которыми виленским епископом Валерианом Протасевичем в 1570 году были приглашены иезуиты. Обосновавшись в нескольких зданиях близ костёла Святых Иоаннов, иезуиты открыли 17 июля 1570 года коллегию — школу, в которой, помимо церковных предметов, велось обучение древнегреческому языку и латыни, математике, истории, географии, риторике, поэзии. Учащимися были преимущественно шляхтичи, однако принимались в коллегию и выходцы из непривилегированных сословий.[7] Викентий Смоковский. Стефан Баторий учреждает Академию и университет виленский (1828). Вильнюсская картинная галерея Большой двор университета. Середина XIX века Марш студентов по проспекту Гедимина по случаю начала учебного года Церемония спуска флага университета на торжестве окончания учебного года (2007) Реверс юбилейной монеты в 1 лит (2004) 7 июля 1578 года во Львове король Стефан Баторий, по ходатайству епископа Валериана Протасевича, маршалка Яна Ходкевича и других магнатов покровителей иезуитов, подписал привилегию, по которой коллегия преобразовывалась в академию, с правом производить бакалавров, магистров, лиценциатов и докторов свободных наук, философии и богословия. Канцлер Великого княжества Литовского кальвинист Николай Радзивилл Рыжий не соглашался скрепить грамоту большой печатью княжества, вице-канцлер православный Евстафий Волович — малой печатью, полагая, что создание иезуитской академии ущемляет права других исповеданий; привилегия без печати не могла вступить в действие. 1 апреля 1579 года датируется другая привилегия короля Стефана Батория об учреждении Академии и университета виленского Общества Иисуса (Almae Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu). Она была подписана в Вильно; у отказавшегося приложить к грамоте печать Евстафия Воловича король потребовал печать со словами «я сам её приложу, но ты её более не увидишь», то есть пригрозил ему удалением от должности. Вице-канцлер вынужден был подчиниться[8][9]. Булла папы римского Григория XIII 30 октября 1579 года подтвердила привилегию короля Стефана Батория. Первым ректором был Пётр Скарга. Первоначально университет состоял из двух факультетов — философии и теологии. В 1641 году были учрежден факультеты права и медицины. Однако из-за нехватки преподавателей факультет права начал работать только в 1644 году, а медицинский факультет — в 1781 году. В 1753 году стараниями астронома и математика Томаша Жебровского была основана астрономическая обсерватория, четвёртая по счёту в Европе и старейшая в Восточной Европе[10]. До основания в 1755 году Московского университета на протяжении двух столетий был самым восточным в Европе университетом. Здесь преподавали известные учёные своего времени. К ним относится Мартин Смиглецкий (Martinus Smiglesius; 1564—1618), теолог-полемист (труды переведены на немецкий язык). Он приобрёл известность благодаря учебнику логики, написанному в 1586—1587 годах на основе своих лекций. Учебник до XIX века широко использовался во французских иезуитских школах, в Сорбонне, а также в англиканской Великобритании, даже в Оксфорде (где неоднократно переиздавался — в 1634, 1638, 1658 годах[11]. По учебнику Смиглецкого, в частности, экзаменовался писатель Даниэль Дефо[12]. Учебник риторики теолога Сигизмунда Ляуксмина (1597—1670) «Ораторская практика и правила искусства риторики», изданный в 1645 году в Вильне, к середине XVIII века выдержал не менее пятнадцати изданий в различных городах Европы (Браунсберг, Мюнхен и другие). Профессор Мацей Казимир Сарбевский (1595—1640) был широко известен как поэт и в 1623 году папой Урбаном VIII в Риме был увенчан лавровым венком, подобно знаменитым поэтам Данте Алигьери и Франческо Петрарке. Историк Альберт Виюк-Коялович изучал в Академии и университете теологию, а затем сам преподавал здесь (1641—1644; 1645—1655) и был ректором (1653—1655). В Академии и университете получил учёную степень магистра философии (1644), затем здесь же изучал теологию и каноническое право епископ Александр Котович. К числу наиболее известных воспитанников Академии и университета виленского Общества Иисуса относятся поэт, теолог и полемист Симеон Полоцкий и учёный и религиозный деятель, автор «Ґрамма́тіки Славе́нския пра́вилное Cv́нтаґма» Мелетиий Смотрицкий.