Бонапарт пытался найти взаимопонимание с исламским духовенством, но тем не менее против французов в Каире вспыхнуло восстание. В отчаянье Наполеон начал поход в Сирию в феврале 1799 года. Он взял штурмом Яффу, но не смог овладеть Акрой. 20 мая 1799 года началось отступление. Наполеон все ещё был в состоянии нанести поражение туркам, которые расположились около Абукира (25 июля), но понимал, что оказался в ловушке. Во Франции Директория находилась на грани банкротства и поражения в войне против коалиции Австрии, Турции и России. Получив известия о волнениях в стране и о внешних угрозах, Наполеон 23 августа оставил армию генералу Клеберу и отплыл во Францию. Ему удалось избежать встречи с британским флотом, который крейсировал в Средиземном море и 9 октября 1799 года Наполеон спокойно высадился в Фрежюсе на юге Франции.