20 сентября 1802 года в России на основании Манифеста Александра I «Об учреждении министерств» вместо существовавших ранее коллегий были образованы восемь министерств: военно-сухопутных сил, военно-морских сил, иностранных дел, юстиции, коммерции, народного просвещения, финансов и внутренних дел. Каждое министерство получило Наказ, т.е. Положение, которым определялись его задачи. Самым большим и многопрофильным стало Министерство внутренних дел. Структурные подразделения в министерствах строились по функциональному принципу. Они назывались экспедициями, впоследствии - департаментами. Для объединения деятельности министерств все министры должны были, собираясь на общие совещания, составлять «Комитет министров», на заседаниях которого часто присутствовал и император Александр I. В основание новой системы вместо прежнего коллегиального начала была положена единоличная власть и ответственность: министр один управлял своим ведомством при помощи канцелярии и подчиненных ему учреждений, он один и должен был отвечать за все упущения в министерстве. Для обсуждения важнейших государственных дел и законов Александром был устроен «Совет непременный», состоявший из двенадцати членов, вместо случайных и временных совещаний при императрице Екатерине II и императоре Павле I. В 1811 году внутренняя организация, порядок деятельности и права министерств были определены «Общим учреждением министерств». Министерства возглавлялись министрами, имевшими одного или несколько товарищей (заместителей). Министры по должности были членами Комитета министров и Государственного совета, должны были присутствовать в Сенате. Основными структурными подразделениями министерств являлись департаменты (в некоторых министерствах - главные управления), общее делопроизводство велось в канцеляриях министров. Порядок делопроизводства, установленный в 1811 году, в основном сохранялся до 1917 года.

Наиболее значительные изменения в составе министерств произошли в первой половине 19-го века и были связаны с образованием объединенного Министерства духовных дел и народного просвещения (1817-1824), созданием Министерства императорского двора и уделов (1826) и Министерства государственных имуществ (1837). В 1865-1868 и 1880-1881 годах существовало Министерство почт и телеграфов. Частыми были реорганизации департаментов и передача их из одного министерства в другое. В октябре 1905 года под влиянием революции была декларирована ответственность министров перед Государственной думой (фактически министры оставались в полном подчинении императору). Комитет министров был заменен Советом министров. Тогда же было образовано Министерство торговли и промышленности. После февральской революции 1917 года система министерств была сохранена. 1 марта 1917 года в министерства были назначены комиссары из числа членов Государственной думы, 3 марта - министры Временного правительства. В мае и августе 1917 года Временным правительством было образовано пять новых министерств: труда, почт и телеграфов, продовольствия, государственного призрения, исповеданий. После установления советской власти в октябре 1917 года на базе министерств были созданы народные комиссариаты - наркоматы, которые в 1946 году вновь были названы министерствами. После ряда преобразований министерства сохраняются в Российской Федерации.