После заключения мира в Роскилле в 1658 году, провинция Сконе перешла во владение шведской короны, которая быстро основала Лундский университет в 1666 году как средство «шведификации». Он стал пятым университетом, основанным шведской королевской властью, после Упсальского университета в 1477, Academia Gustaviana в 1632 (сейчас в Эстонии), Академии Або в 1640 (сейчас в Финляндии) и Университета Грейфсвальда в 1648 (сейчас в Германии). Университет был назван Academia Carolina в честь короля Швеции Карла X Густава. Это название формально использовалось до конца XIX века, когда название «Лундский университет» стало широко распространённым. При основании университета в нём были открыты четыре факультета: юридический, богословский, медицинский и философский. Они были «краеугольными камнями» и эта система действовала на протяжении 200 лет. В конце XVII века число студентов достигало 100. Война в Сконе в 1676 году привела к закрытию университета, которое продолжалось до 1682 года. Университет был заново открыт во многом благодаря региональным патриотам, но до XIX века университет не имел высокого статуса. Лекционных залов было мало, а занятия проводились в Лундском кафедральном соборе и примыкающей к нему часовне. Жалованье профессоров было низким. В 1716 году король Швеции Карл XII сделал Лунд своей постоянной резиденцией, не желая возвращаться в Стокгольм. Он оставался в городе два года, в промежутках между своими норвежскими походами. Город и университет наслаждались всплеском временного внимания.