В конце 1998 и начале 1999 года в отношениях между Индией и Пакистаном наметилось заметное потепление. Состоялось несколько встреч на высшем уровне, в феврале премьер-министр Индии А. Б. Ваджпаи посетил пакистанский город Лахор, где открыл автобусное сообщение между ним и городом Амритсар. Была подписана Лахорская декларация, призванная снизить риск случайного или несанкционированного применения этими странами ядерного оружия[6] (в 1998 году обе страны провели ядерные испытания). В то же время ключевой проблемой двусторонних отношений оставался вопрос о штате Джамму и Кашмир, разделённом Линией контроля после войны 1947—1948 годов. В индийской части штата продолжали действовать партизаны, стремящиеся к отделению её от Индии и присоединению к Пакистану. На линии контроля постоянно происходили артиллерийские перестрелки между двумя странами. Не все представители пакистанской военной элиты поддерживали курс на сближение с Индией. В генеральном штабе пакистанской армии был разработан план проникновения в индийскую часть штата и занятия ряда позиций в горах в округе Каргил, вероятно, с целью заставить индийцев покинуть находящийся восточнее ледник Сиачен, место спорадических боевых действий между пограничниками двух стран с 1980-х годов. Существует неясность относительно того, проинформировал ли начальник генштаба Первез Мушарраф об этом плане премьер-министра Пакистана Наваза Шарифа. Сам Шариф позднее утверждал, что узнал о событиях в Каргиле от индийской стороны. Конфликт окончился формально победой индийцев, поскольку им удалось отбить практически все территории, захваченные боевиками в первые дни боёв. Победу удалось одержать ценой крайне высокого напряжения войск, создавая многократный численный перевес, с применением авиации и тяжёлого вооружения — при том, что боевики были оснащены только лёгким и стрелковым оружием (пакистанская артиллерия, хотя и давала о себе знать, применялась всё же довольно узко). Политические последствия были для Пакистана весьма плачевны. Поражение сказалось на моральном состоянии вооружённых сил страны и в целом нанесло ущерб репутации пакистанских военных и правительства. Напряжённые отношения, сложившиеся после войны между Н.Шарифом и начштаба сухопутных сил П.Мушаррафом, вылились в переворот и смещение Н.Шарифа с поста премьера. В Пакистане снова, после 12-летнего перерыва, пришли к власти военные. Конфликт оставил за собой массу нерешенных вопросов, что привело к очередному противостоянию в 2001-2002 гг.