Родилась в Токио в районе Сугинами в семье писателя и драматурга Кунио Кисида (основатель театра «Бунгакудза»). Заинтересовавшись в юности сценическим искусством, после окончания школы поступила в институт, учреждённый при театре отца, где дебютировала в одной из постановок в 1950 году. Несмотря на возражения отца, приняла решение стать актрисой. В своих воспоминаниях Кисида отмечает, что в детстве пережила сильное увлечение иллюстрациями Обри Бёрдсли к уайльдовской «Саломее»[1]. В этом смысле во многом закономерным стало то, что широкая известность пришла к ней после исполнения на сцене «Бунгакудза» главной роли в постановке пьесы Юкио Мисима «Саломея». За «Саломеей» последовала многолетняя череда успешных и зачастую очень сложных и нетривиальных ролей. В 1954 году вышла замуж за актёра той же труппы Нобору Накая (развелись в 1978). В 1963 году вместе с рядом других ведущих актёров покинула «Бунгакудза», после чего последовали творческие эксперименты с разными труппами (в 1975 году примкнула к театру «Эн» Хироси Акутагава), а также начало карьеры на телевидении. Всемирную известность принесла главная роль в фильме «Женщина в песках» (1964) режиссёра Хироси Тэсигахара. Большую популярность завоевала её роль сэйю Муми-Тролля в аниме-сериале «Мумин» (с 1969 года), по мотивам произведений Туве Янссон о муми-троллях. Основным мотивом для участия в новом для себя амплуа для неё стало желание наглядно объяснить дочери (род. в 1968 году) суть своей профессии: актриса брала дочь прямо на студию, где ребёнок самым непосредственным образом мог наблюдать за работой своей матери[1]. Также Кисида отмечает, что социальная утопия, выраженная в сказочной форме в произведениях Янссон также произвёла на неё сильное впечатление и вызвала определённый внутренний резонанс. Умение вживаться в роль, своеобразный и запоминающийся тембр и чувственность её голоса делали декламации Кисида неповторимыми, что способствовало росту и разнообразию ролей сэйю, в которых она оказалась востребована (документальные фильмы, аниме, аудиокниги, декламации стихов, дублирование иностранных фильмов и др.). На протяжении многих лет Кисида также принимала активное участие в театральных постановках для детей, зачастую совместно со своим другом детства, поэтом Сюнтаро Таникава. Кроме актёрской работы Кисида оставила значительное литературное наследие, написанное в самых различных жанрах: прежде всего это детская литература, а также эссе, переводы, тексты песен и пр. Многие её книги затрагивают вопрос преодоления отчуждения современного человека, утраты им детской непосредственности и отрыва от естественных природных ритмов. Кёко Кисида скончалась в токийской клинике от опухоли мозга днём 17 декабря 2006 года в возрасте 76 лет.