Родился в селении Маседа, округ Оренсе в области Галисия (Испания) около 1460 года. Когда Хуан был ребёнком, испанскую Галисию охватил конфликт, известный как Братские войны (или Ирмандиньо), поэтому семья переправила его в более спокойную Португалию. Там он поступил на военную службу португальской короны и в 1497 году был назначен губернатором Лиссабона. Во время своего первого путешествия в Индию он открыл остров Вознесения (в 1501 году) и остров Святой Елены (21 мая 1502 года). Оба острова ныне управляются Великобританией. Главным результатом этой экспедиции стало основание торговой фактории в Каннуре. Во время экспедиции 1505 года Жуан да Нова оспорил решение Франсишку де Алмейда передать командование своему сыну. Он заболел и оказался в плену штиля на крошечном острове в Мозамбикском проливе, который ныне носит его имя. Тристан да Кунья вызволил Жуана ди Нова и его людей из пролива и помог им вернуться в Индию. Там своенравный мореход вступил в спор (дошедший до рукоприкладства) с Албукерки по поводу планов завоевания Ормуза. За доблесть, показанную при взятии Маската, он был помилован, но получил в бою ранение, от которого и умер по возвращении в Кочин в 1509 году.