Манила, до прихода испанцев, была частью мусульманского мира, в котором процветала торговля с китайскими купцами и представителями из других стран Восточной Азии. В 1570 г. Мигель Лопес де Легаспи, вынужденный отступить с острова Себу под натиском португальских пиратов, прибыл в процветающий мусульманский город и решил устроить в нём свою столицу. Чтобы установить отношения с местными властями, сперва туда был послан Мартин де Гоити. Он попытался установить авторитет испанской короны мирным путем. Раджа Сулейман, который правил тогда, ответил, что не против иметь дружеские отношения с испанцами, но подчиняться какому-либо другому королю в его планы не входит. Конкистадоры предприняли тогда военные действия, в результате которых вынудили мусульман покинуть город. В конечном итоге Легаспи прибыл сюда с войсками и начал сооружать крепость 9 июня 1571 г. Низвергнутый раджа, Сулейман, постарался получить поддержку раджи Тондо, по имени Лакандула, пампанганов и пангасинанов, собрал собственных подданных, тагалов, и попытался вступить в борьбу с испанцами. В бою при Бангкусае он погиб. В Маниле началась активная деятельность по христианизации местного населения. В тот момент город стал главным опорным пунктом христианизации всей Юго-Восточной Азии. Сюда прибывали миссионеры, монахи разных орденов, августинцы, францисканцы, доминиканцы, иезуиты и другие. Испанцы установили и коммерческую монополию, оттеснив из этой сферы китайцев. Развитие инфраструктуры В 1574 г. китайский пират, Ли Ма Хонг, попытался захватить город. В его распоряжении было 62 судна и 3000 воинов. Но попытка была безуспешной. Губернатор Гидо де Лавесарес и офицер Хуан де Сальседо отразили удар китайско-японского флота, располагая только пятьюстами солдатами. В 1601 г. в Маниле была открыта семинария для знатных лиц, которая стала первым учебным заведением в стране. В истории города был недолгий момент английского господства, когда, в ходе Семилетней войны, англичане захватили его и удерживали в течение двух лет(1762—1764). Вскоре после подписания Парижского договора о мире в 1763 г. они покинули город, предварительно успев капитально его разграбить. В следующий период Колониальная столица обогатилась большим числом памятников: общественными и частными дворцами, монастырями и храмами. В Маниле появился первый азиатский университет, названный в честь Святого Томаса. Гораздо позже появились университеты в Индии и в латиноамериканских столицах. В стране образовался новый класс «просвещенных», иначе говоря, образованных людей, пополненный из числа креолов, метисов и коренных жителей. Вместе с тем распространились либеральные идеи, которые особенно быстро впитывались образованными людьми. Распространились антиклерикальные масонские настроения. Была создана антииспанская и антиколониальная тайная организация, составленная из масонских элементов, главным образом, из представителей манильской буржуазии. Такие веяния начали проникать в другие районы страны.