Али Хосейни Хаменеи родился 17 июля 1939 года (24 тира 1318) в Мешхеде и был вторым из восьми детей в семье[2]. По происхождению он азербайджанец[3][4][5]. Хаменеи принадлежит к сеидам, потомкам пророка Мухаммеда[6]. Его дед — Сейед Хоссейн был видным священнослужителем в Азербайджане, в частности в Хиабани и Тебризе, а затем перебрался в Ирак, в священный для мусульман-шиитов город Эн-Наджаф[6]. Его отец, аятолла Сайед Джавад Хосейни Хаменеи, являлся учителем медресе, позже — членом городской улемы Мешхеда. Он скончался в возрасте 93 лет[6]. Мать, дочь ходжат-оль-ислама[6], была родом из Йезда[7] (скончалась в Мешхеде в 1989 году в возрасте 76 лет)[8]. Тётя Хаменеи приходилась супругой шейху Мохаммаду Хиябани[6], возглавившего в 1920 году Иранском Азербайджане национально-освободительное движение, направленного против шахского владычества.

В Мешхедской шиитской духовной академии (Хавза) его наставниками были Хадж Шейх Хашем Газвини и Аятолла Мелани. В 1957 году Хаменеи перебрался в Наджаф, а на следующий год — в Кум. В Куме он познакомился с Аятоллой Хусейном Боруджерди а также с Рухоллой Хомейни. Радикальные взгляды Хомейни оказали сильное влияние на Али, он начал активную антишахскую деятельность. В 1964 году Хомейни был выслан из Ирана, а Али был арестован САВАК в Бирдженде, однако вскоре был отпущен и вновь вернулся в Мешхед. С 1963 до 1975 года Хаменеи попадал в тюрьму ещё пять раз, проведя в заключении в общей сложности несколько месяцев.[1]

После победы Исламской революции в 1979 году Хаменеи был назначен руководителем пятничной молитвы (фактически — еженедельная общегосударственная политинформация в Тегеране). Сменил на этом посту великого аятоллу Монтазери.